In tale data, infatti, le maggiori Potenze europee ( comprendenti quella Gran Bretagna che occupava le isole melitensi ) siglarono un Trattato nel quale si riconobbe, fra l'altro, lo " status quo ante " sulle isole maltesi: loro indipendenza e sovranità su di esse da parte dell'Ordine ( si veda l’articolo X, paragrafi 1,2,3,6,7, e l’articolo XXI ), sulla base di alcune condizioni: perpetua neutralità, indipendenza, sovranità, riconoscimento della Lingua Maltese ed elezione del successivo Gran Maestro al ritorno dei Cavalieri a Malta dopo il ritiro delle forze inglesi secondo i desideri dello Zar Alessandro I.
Tale Trattato, pur se ratificato, non fu però mai applicato né peraltro mai venne revocato. Da ciò si può trarre la logica e giuridica conclusione che esso sia ancora alla base dei diritti dell'Ordine, poiché il mancato esercizio di un diritto ( in questo caso la sovranità ed il possesso ) da parte del suo titolare per fatto indipendente dalla sua volontà non ne determina la decadenza.
Successivamente, con la sede dell'Ordine sempre a San Pietroburgo, gli zar continuarono a vegliare sull'Ordine. Lo zar Nicola I ordinò il restauro delle due cappelle ( la cattolica e l'ortodossa ) nel " Palais de Malte " a San Pietroburgo. Gli zar Alessandro II e Alessandro III, durante il loro regno, confermarono il diritto all'uso delle insegne dell'Ordine ai cavalieri ereditari ( fra i quali ai Troubetzkoi ). Alla morte di Alessandro II, nel marzo del 1881, la corona di Gran Maestro del Sovrano Ordine di San Giovanni di Gerusalemme venne posta in posizione di grande onore ai suoi funerali. Lo Zar Nicola II autorizzò numerosi membri della sua famiglia ad accettare la dignità di Balì Gran Croce e autorizzò anche il « Corps des Pages » a fregiarsi della croce ottagonale dell'Ordine.
Nel frattempo, i pochi Cavalieri rimasti in Italia e che avevano scelta la protezione papale, si riunirono sotto la direzione dei Principe Tommasi, il quale si autonominò loro Gran Maestro, ottenendo poi l'avallo del Papa Pio VII, e costituendo in tal modo un nuovo Ordine cavalleresco prettamente cattolico ( detto in seguito S.M.O.M. ), sotto diretto controllo del Papato. Tale nomina e conseguente pretesa di discendenza dall'Ordine originario non trovarono alcun riconoscimento all'epoca dei fatti ( a esempio nel già nominato Trattato di Amiens ), per cui si può legittimamente affermare che il Principe Tommasi fu non il 71° Gran Maestro del Sovrano Ordine di San Giovanni di Gerusalemme - come l'Ordine Papale ha sempre ostentato per assurgere al ruolo di " legittimo " continuatore dell'Ordine originale - bensì il 1° Gran Maestro di tale nuovo Ordine Militare ( ma questa è una storia che non ci riguarda ).
Storicamente lo SMOM non può pertanto considerarsi altro che una organizzazione cavalleresca, riservata esclusivamente ai cattolici, non a carattere ecumenico come il Sovrano Ordine di San Giovanni di Gerusalemme Cavalieri di Malta che, non a caso, aveva avuto come Gran Maestro l'ortodosso e sposato Zar Paolo I; una organizzazione cavalleresca creata dalla Chiesa Cattolica e poi da essa successivamente riconosciuta rendendola autonoma nell'ambito delle proprie prerogative, ma senza alcun legame storico-giuridico con l'Ordine di San Giovanni di Gerusalemme - Cavalieri di Malta.
