Con apposito voto e manifesto essi dichiararono ufficialmente la decadenza del Gran Maestro Ferdinando von Hompesch e si considerarono sciolti dal vincolo di obbedienze a lui. Invitavano gli altri Gran Priorati e Priorati a unirsi nella loro azione, nella già presa determinazione di confidare nella protezione dell'Ordine da parte di S. M. I. lo Zar Paolo I.
Questi, il 10 settembre 1798, riceveva i dignitari qualificati dell'Ordine a San Pietroburgo e proclamava la sua decisione di mantenere l'Ordine di San Giovanni nella integrità e dignità delle sue istituzioni, privilegi e onori. Il 3 ottobre 1798, il Priorato di Polonia si associava al voto e al manifesto. Il successiva giorno 23 anche il Priorato di Germania si associava. Sia il Priorato di Polonia che quello di Germania accettavano il proclama del 10 settembre 1798 e l'insediamento dell'Ordine a Pietroburgo, mentre i Cavalieri Francesi, dispersi per la soppressione degli Ordini in Francia non potevano aderire che isolatamente e in parte.
Il 27 ottobre 1798 i Cavalieri presenti a San Pietroburgo, congiuntamente ai Cavalieri del Gran Priorato di Russia, del Priorato di Germania e del Priorato di Polonia ed anche per i Cavalieri che non avessero potuto aderire, proclamavano ed eleggevano S. M. I. lo Zar Paolo I, al quale anche il Pontefice Pio VI aveva inviato una supplica affinché si facesse garante del futuro dell'Ordine e di quanto lo stesso rappresentava per l'Europa, quale 70° Gran Maestro dell'Ordine di San Giovanni di Gerusalemme. Il 13 novembre 1798 dello stesso anno lo Zar accettava. Il successivo giorno 21 lo Zar istituiva, da San Pietroburgo, le Commende Ereditarie dell'Ordine in Russia, composte da due Gran Priorati ( l'uno cattolico e l'altro ortodosso ), comprendenti 249 Cavalieri di varie classi, gradi, e nazionalità ( Ukase nr. 19044 ).
Nel frattempo, fuggito da Malta, von Hompesch si era rifugiato a Trieste, seguito da soli sedici Cavalieri. E' qui che, il 6 luglio 1799, lo stesso sottoscriveva l'atto di abdicazione raccomandando all'Imperatore, 70° Gran Maestro, le sorti dell'Ordine.
La nomina dello Zar, va sottolineato, trova la sua legittimità, fra l'atro, tanto nella accettazione da parte di von Hompesch ( anche se non giuridicamente necessaria ) quanto nell'approvazione della stessa da parte dei Gran Priori e del Capo della Chiesa Cattolica, Papa Pio VI ( Bolla " Pastoralium nobis " del 10 giugno 1799 ), il quale l'aveva a suo tempo ( 5 novembre 1798 ) caldeggiata per contrastare il crescente potere napoleonico: circostanza questa che porta discredito a tutti coloro i quali vogliono che la elezione dello Zar sia destituita di validità.
L'Ordine intanto aveva ricevuto altri importanti riconoscimenti. E' dei 1794 il trattato di alleanza e il reciproco riconoscimento con gli Stati Uniti d'America, rappresentati dal futuro presidente Monroe.
Dopo la morte dello Zar Paolo I, il figlio di questi, Alessandro I, confermò la protezione della Famiglia Imperiale all'Ordine ( 16 marzo 1801: " ... essendo desideroso di dare prova della nostra speciale benevolenza ed attaccamento nei confronti del Sovrano Ordine di San Giovanni di Gerusalemme farò tutto quanto in mio potere affinché esso Ordine sia mantenuto nei suoi diritti, onori, privilegi e proprietà... ' )senza assumere direttamente, per ragioni politiche, la dignità di Gran Maestro: egli preferì invece nominare il Feld-Maresciallo Conte Nicola de Soltykoff come Luogotenente Gran Maestro ( 16 marzo 1801 ), in attesa che i Cavalieri potessero rientrare in possesso delle Isole di Malta, come anche stabilito il 27 marzo 1802 dal Trattato di Amiens.
