Rimasti a Gerusalemme sino al 1187 ( per circa un secolo ), i Cavalieri - sempre compiendo atti benemeriti di carità e al tempo stesso di coraggio guerriero - cambiarono in seguito sede diverse volte. Nel 1292 ottennero finalmente asilo da parte del Principe di Lusignano nell'isola di Cipro, ove rimasero sino al 1310, anno in cui si trasferirono nell'isola di Rodi. Il periodo ivi trascorso fu uno dei momenti di maggiore splendore culturale e politico dell'Ordine, così come testimoniato dall'architettura dell'isola, la quale deve proprio all'attività dei Cavalieri la sua bellezza.
Il 18 dicembre dei 1522, il Sultano Solimano il Magnifico, capo dei Turchi, scacciò i Cavalieri da Rodi. Dapprima essi si rifugiarono a Candia, poi in Sicilia, quindi a Roma. Avuta infine la sede a Viterbo, ricoverarono la loro potente e temuta flotta a Nizza.
Nel 1530, su intercessione di Papa Clemente VII, già Cavaliere e Priore dell'Ordine a Capua, l'imperatore Carlo V, con sua Bolla del 24 marzo, donò ai Cavalieri ( allora guidati dal 42° Gran Maestro de l'Isle-Adam ), che avevano respinto l'assedio turco, le isole melitensi di Malta, Gozo e il feudo di Tripoli, ponendole sotto la sovranità dell'Ordine, e ciò in cambio di un simbolico " falcone " da consegnare ogni anno al re di Sicilia.
La sovranità dell'Ordine fu in seguito riconosciuta da tutte le Corti europee, compresa quella pontificia ( si veda la Bolla papale del 25 aprile 1530 ), presso le quali intratteneva le più ampie relazioni diplomatiche, comprensive anche della presenza di Ambasciatori.
Grazie a ciò, l'Ordine aggiunse alla propria la denominazione quella di ' Cavalieri di Malta ', che, ancor oggi, è quella che più comunemente viene utilizzata e spesso usurpata da altre organizzazioni le cui origini sono ben lontane dal periodo in cui le isole di Malta erano dominio dei Cavalieri.
La potenza e la gloria di cui si ricopri l'Ordine nei due secoli che seguirono furono tante che gli valsero i più diversi e prestigiosi riconoscimenti onorifici di quei tempi.
La " conquista " da parte di Napoleone delle isole di Malta, conseguita alla resa senza condizioni del Gran Maestro von Hompesch ( 12 giugno 1798 ), provocò la diaspora dei Cavalieri, la maggior parte dei quali ( oltre il novanta per cento ) si rifugiò in Russia dove, già dal gennaio 1797, l'Ordine ( documento a firma di Sua Maestà Imperiale lo Zar Paolo I e Sua Altezza il Principe Sovrano Gran Maestro dell'Ordine, Emanuele principe Rohan de Polduc, ratificato il 26 agosto 1797 a Malta e il 29 novembre 1797 a San Pietroburgo ) era riconosciuto " in perpetuo " come sovrano anche dall'impero russo ( con il quale aveva intrapreso relazioni diplomatiche e aveva fondato un Priorato di Russia a San Pietroburgo, sotto la protezione dello Zar Paolo I ).
Il 26 agosto si riunivano a San Pietroburgo i Cavalieri del Gran Priorato di Russia, con i Cavalieri di altre Lingue e di altri Gran Priorati e Priorati dell'Ordine ivi giunti.
